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与Windows下的文件组织结构不同，Linux不使用磁盘分区符号来访问文件系统，而是将整个文件系统表示成树状结构，Linux系统每增加一个文件系统都会将其加入到这个树中。

操作系统文件结构的开始只有一个单独的顶级目录结构，叫做根目录，用“/”表示。DOS/Windows下文件系统按照磁盘分区的概念分类，目前都存于分区上。Linux则通过“挂接”的方式把所有分区都放置在“根”下各个目录里。

不同的Linux发行版本的目录结构和具体的实现功能存在一些细微的差别，但是主要的功能都是一致的。一些常用目录的作用如下：

/etc

包括绝大数Linux系统引导所需要的配置文件，系统引导时的读取配置文件，按照配置文件的选项进行不同情况的启动，例如fstab、host.conf等

/lib

包含C编译程序所需要的函数库，是一组二进制文件，例如glibc等

/usr

包括所有其他内，如src、local。Linux的内核就是在/usr/src中。其下有子目录/bin，存放所有安装语言的命令，如gcc、perl等

/var

包含系统定义表，以便在系统运行改变时可以只备份该目录，如cache

/tmp

由于临时性的存储

/bin

大多数命令存放在这里

/home

主要存放用户账号，并且可以支持ftp的用户管理。系统管理员增加用户时，系统在home目录下创建于用户同名的目录，此目录一般默认有desktop目录

/dev

这个目录下存放一种设备文件的特色文件，如fd0、had等

/mnt

在Linux系统中，它是专门给外挂的文件系统使用的，里面有两个文件cdrom、floopy，登录光驱、软驱时要用到。

刚开始使用Linux使用，容易混淆的是Linux下使用斜杠“/”，而在Windows下使用的是反斜杠“\”。例如在Linux中，由于从UNIX集成的关系，路径用“/usr/src/Linux”表示，而在Windows下则用“\usr\src\Linux”表示。
在Linux下更加普遍的问题是大小写，例如文件Hello.c和文件hello.c在Linux不是一个文件，而在Windows下则表示同一个文件。